深圳爱尔眼科医院白内障/青光眼专科是医院重点专科，专注于白内障及青光眼领域的临床诊疗、教学科研、人才培养。科室由深圳市视光学会白内障与防盲专委会主任委员、深圳市医学会眼科分会白内障及防盲学组组长、香港理工大学眼科视光学院客座教授司马晶领衔，现有主任医师/副主任师多名，已发展成为一支高素养、技术强、服务好、乐于奉献的专业技术团队。

2013年医院就引进了飞秒激光白内障手术设备，引领白内障手术迈入电脑自动化新时代。科室拥有眼底立体照相机、超声青光眼治疗仪、SLT激光治疗仪等现代化的检查和治疗仪器，可对不同类型青光眼进行针对性治疗。拥有美国Alon LenSx飞秒激光手术系统、LensAR 3D飞秒激光手术系统、美国Alon Centurion 智能超声乳化仪、Itrace 视觉质量分析仪等诊疗设备，在飞秒激光辅助白内障手术及屈光性白内障手术方面积累了大量的临床经验尤其在老花白内障、高度近视白内障、外伤性白内障、晶状体脱位及人工晶状体复合体脱位等疑难白内障手术方面经验丰富。

科室屡获殊荣，被评定为【香港狮心光明行慈善基金公益防盲定点医院】、【爱尔康白内障老视矫正手术认证中心】、【高度近视人工晶状体老视手术中心】、【散光规范化管理示范中心】。